Patrikhane, Osmanlı Devleti içerisinde "ekümenik" bir statüye sahipti. Yani, dünya Ortodokslarının liderliğini üstlenen evrensel bir kurum niteliğinde idi. Ayrıca, Osmanlı Devleti'nin son 60 yılında 1861-1865 Nizamnâmesine göre idare edildi. Sultan Abdülaziz tarafından onaylanan bu Nizamnâmeye göre Patrikhane, Patriğin nezaretinde olup sivil işler için dört metropolit ve sekiz kişiden meydana gelen karma bir meclisin de yardımını temin eden 12 kişilik St. Synode meclisi tarafından idare ediliyordu.

Ancak Patrik ve Patrikhane görevlilerinin 1453 yılı ile Lozan Antlaşması'na kadar geçen süre zarfında yürüttüğü faaliyetler, devleti parçalama, asıl unsur olan Türk unsurunu yok etme ve dinsel hâkimiyet kurma çalışmaları, Patrikhane’nin statüsünün zorunlu olarak değiştirilmesine ve siyasi faaliyetlerden uzak tutulmasına yol açacak önlemlerin alınmasını da beraberinde getirmiştir.

Örneğin binlerce Müslüman/Türk’ün kılıçtan geçirildiği 1820-1821 Mora isyanında rolü olduğu tespit edilen Patrik V. Gregorius, halkı isyana teşvik ve ihanet etmek suçuyla Fener Patrikhanesi’nin kapısı önünde 21 Nisan 1821’de idam edilmiştir. Patrikhanenin idamın gerçekleştirildiği kapısının o günden beri kullanılmadığı ve patriğin eşiti bir Türk büyüğü burada asılana kadar da kullanılmayacağı ve bu kapıya “intikam kapısı” adı verildiği yolundaki bilgiler hiçbir zaman yalanlanmamıştır.

Lozan görüşmeleri sırasında Türk heyeti Patrikhane’nin yurt dışına çıkarılması kararındaydı. Nitekim 20 Ocak 1923 tarihinde Mustafa Kemal Hakimiyet-i Milliye gazetesinde yayımlanan bir mülakatında;

“Bir fesat ve hıyanet ocağı olan ve memleketimize nifak tohumları eken, uyuşmazlıklar yaratan, Hıristiyan hemşehrilerimizin huzur ve refahı için de uğursuzluğa ve felakete sebep olan Rum Patrikhanesini artık topraklarımız üzerinde bırakamayız. Bu tehlikeli teşkilatı memleketimizde muhafazaya bizi mecbur etmek için ne gibi vesile ve sebepler gösterilebilir? Türkiye’nin Rum Patrikhanesi için arazi üzerinde bir sığınılacak yer göstermeye ne mecburiyeti var? Bu fesat ocağının hakiki yeri Yunanistan değil midir?” demiştir. TBMM’nin 03 Ocak 1923 tarihli gizli oturumunda kararlaştırılmış olan ana hükümlerden biri de Patrikhane’nin milli sınırlar dışına çıkarılmasıydı.

Lozan görüşmelerindeki İngiliz ve Yunan heyetleri başta olmak üzere öteki heyetlerin çoğunluğu Patrikhane’nin manevi önemi üzerinde durdular ve Patrikhane İstanbul’u terk ederse Rum Ortodoks cemaatinin dini reislerini kaybedeceğini ileri sürdüler. Onlara göre Kilise hukuku Patrikliğin görevlerini yalnız dini konularla sınırlamaya uygundu.

Lord Curzon “Eğer Patrikhane’nin bir tahrik odağı olduğu doğru ise bu Patrikhane’nin siyasi imtiyazlarını değiştirmek ve kaldırmak için sebep olabilir. Ama patriğin ruhani ve kiliseye ait imtiyazlarını kaldırmaya sebep olamaz. Eğer din ve kilise salahiyetleri yok olursa, medeniyet dünyasının vicdanı kanar. Sonuç olarak Patrikhane İstanbul’da dini bir kurum olarak kalsın” demiştir.

Bu tartışmalar yüzünden müzakerelerin kesilmesi tehlikesi baş göstermiştir. Müzakereler sonunda Patrikhane’nin Osmanlı Devleti zamanında verilen bütün imtiyazları kaldırılarak siyasi ve idari mahiyette olan işlerle uğraşmamak, sadece dini ibadetlere ait hizmetleri yerine getirmek şartıyla –yalnızca dini konular çevresinde kalacağı yolundaki sözler senet kabul edilerek İstanbul’da kalması kabul edilmiştir.

Lozan Antlaşması Birinci Büyük Millet Meclisi tarafından onaylanmamış ve Meclis’in büyük çoğunluğunca “Üç sene dökülen kanların ve varılan muhteşem zaferin asla karşılığı ve layığı olmayan tevazu’un altındaki başarısız netice” olarak nitelendirilmiştir.

Lozan Antlaşması hükümlerinde Birinci Meclis’in en çok tepki gösterdiği hususlar, Batı Trakya Türklerinin Yunanlıların eline bırakılması ve Patrikhane’nin İstanbul’da kalmasının kabul edilmesi olmuştur.

Antlaşmayı Birinci Meclis’in onaylamayacağı anlaşıldığından bu Meclis feshedilmiş ve Lozan Antlaşması, muhaliflerden arındırılan İkinci Meclis tarafından onaylanmıştır.

Lozan Antlaşmasının “Azınlıkların Korunması” başlığı altında bu konudaki hükümleri şöyledir:

“Madde 40- Müslüman olmayan azınlıklara mensup Türk vatandaşları hukuken ve fiilen diğer Türk vatandaşlarına uygulanan aynı muamele ve güvenceden yararlanacaklar ve özellikle, masrafları kendilerine ait olmak üzere her türlü hayrî, dinî ve içtimai kurumlar, her türlü okul ve diğer eğitim ve yetiştirme kurumu kurmak, yönetmek ve denetlemek ve buralarda kendi dillerini serbestçe kullanmak ve dini törenlerini serbestçe yürütmek hususlarında eşit haklara sahip olacaklardır.”

“Madde 42- Türkiye Hükümeti söz konusu azınlıklara ait kiliselere, havralara, mezarlıklara ve diğer dinsel kurumlara her türlü korunmayı sağlamayı yükümlenir. Aynı azınlıkların bugünkü durumda Türkiye’de mevcut olan vakıflarına dini ve hayri kurumlarına her türlü kolaylık ve müsaade gösterilecek ve Türkiye hükümeti yeni din ve hayır kurumlarının kurulması için bu gibi özel kurumlara sağlanmış olan gerekli kolaylıklardan hiçbirini esirgemeyecektir.”

“Madde 45- İşbu kesim hükümleri ile Türkiye’nin Müslüman olmayan azınlıkları halkına tanınan haklar, Yunanistan tarafından da kendi topraklarında bulunan Müslüman azınlıklar halkına da tanınmıştır.”

Lozan’ın ilgili maddelerinde görüldüğü gibi, Rum Patrikhanesi Lozan Antlaşmasında ne ismen, ne de özel bir şekilde zikredilerek yer almıştır. Bu hükümler ancak, Müslüman olmayan Türk vatandaşlarının din ve ibadet hürriyetleri, din ve ibadet yerleri vs. ile ilgilidir. Buna göre Ortodoks Patrikliğinin bir dini kurum olarak Lozan Antlaşmasında adı anılarak herhangi bir teminat ve koruma altına sokulmamış olduğu ortaya çıkmaktadır. Lozan Antlaşması din, mezhep ve inanç hürriyetlerinden söz ederken bu hürriyetlerin kullanılmasını “kamu düzeni” şartına bağlamıştır.

İstanbul Valiliği’nce hazırlanan 06 Aralık 1923 tarihli tezkereye göre, St. Synode meclisi Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı olup makamları Türkiye Cumhuriyeti sınırları içinde yer alan metropolitler arasından seçtiği patrik adayları listesini İstanbul Valiliği’ne sunar. İstanbul Valiliği, gerekçe göstermeden seçilmesini istemediği adayları listeden çıkarabilir. Valilik tarafından uygun bulunan listedeki adaylar, St. Synode'da oylanır ve onlardan biri patrik olarak seçilir.

Fener patrikleri, Türkiye Cumhuriyeti yasaları çerçevesinde idarî açıdan, Eyüp Kaymakamlığı'na, Fatih Savcılığı'na ve İstanbul Valiliği'ne bağlıdırlar. Çoğu cemaatsiz 18 metropolit tarafından yapılan seçimin onayını İstanbul Valiliği verir. Buna göre patriğin Türkiye Cumhuriyeti Devleti içindeki en yüksek dereceli muhatabı İstanbul Valisi'dir.

Sonuç olarak Lozan Antlaşması ile birlikte Patrikhane’nin idarî, siyasî ve yargısal yetkilerine son verilmiş ve sadece dini bir kurum olarak kalması sağlanmıştır. Lozan'da yapılan müzakerelere ve antlaşma hükümlerine göre Patrikhane'nin hukukî durumu şu şekilde özetlenebilir:

* Patrikhane'nin İstanbul'da kalması bir anlaşma hükmü ile değil Türkiye'nin tek taraflı bir tasarrufu ile olmuştur.

* Patrikhane, Türkiye kanunlarına tâbi bir kuruluştur. Patrik ve Patrikhane memurları Türkiye Cumhuriyeti vatandaşıdır. Türk Hükümetinin muvafakatiyle tayin edilirler ve Türk Hükümetinin denetimine tabidirler. Başka ülkelerden, özellikle Yunanistan'dan rahip getirilmesi yasal olarak mümkün değildir.

* Patrik ve Patrikhane'nin 1453'ten 1923'e kadar sahip olduğu siyasî ve idarî, hak ve imtiyazlar kaldırılmıştır. Patrikhane ancak dinî ve ruhanî işlerle uğraşabilir.

* Patrikhane İstanbul'daki Rum cemaatinin resmi temsilcisi olmadığı gibi, bu cemaat ile Türk resmi makamları arasında sözcülük, aracılık gibi işleri de yapamaz.

* Patrikhane ile Patrik ve Patrikhane görevlileri, Türkiye'deki gayrimüslim azınlıklara ait herhangi bir kilise veya sinagog gibi Lozan Antlaşmasının 40. ve 42. maddelerinde ifade edilmiş olan serbestlik ve himayeden faydalanır. Bu kişiler, Anayasadaki temel hak ve hürriyetler hususunda Türk vatandaşı Müslümanlardan farklı hükümlere tabi tutulmazlar. Antlaşmanın 45. maddesi gereğince aynı haklardan Yunanistan'daki Türk azınlığa ait dinî kuruluşlar da istifade ederler.

Son yıllarda yukarıda belirtilen Lozan sonrası kendisine çizilen sınırlar ve statüden rahatsız olan Fener Rum Patrikhanesi, bu statü ve sınırlamalardan kurtularak, Osmanlı döneminde olduğu gibi yeniden ekümenik bir statüye kavuşmak için, Türkiye Cumhuriyeti yöneticilerini, başta ABD ve AB yöneticileri olmak üzere, dış güçler vasıtasıyla baskı altına almaya çalışmaktadır.

Bu baskı girişimlerinin belirli bir yere geldiği, Türkiye’nin özellikle ABD ve AB ile katıldığı her uluslararası toplantıda meselenin gündeme getirilmesinden anlaşılmaktadır. Türkiye Patrikhane’nin isteklerini yerine getirme konusunda oldukça pozitif bir tutum takınırken, Yunanistan Batı Trakya Türk azınlığının en temel haklarını bile kısıtlamaktadır. Patrikhane’nin talepleri değerlendirilirken en azından bu tarihsel süreç ile “mütekabiliyet” ilkesi göz önüne alınmalıdır.

Bu baskı girişimleriyle Fener Rum Patrikhanesinin; Heybeliada Ruhban Okulunu yeniden açmak, dış seyahatlerinde Bizans bayrak ve sembollerini taşımak, AB’de temsilcilik açmak, Batılı ülkeler tarafından devlet başkanıymış gibi kabul edilmek; böylece Vatikan tipi bağımsız, “ekümenik”(evrensel) bir site devleti sıfatı kazanmak amacını gerçekleştirmeye çalıştığı değerlendirilmektedir.